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2 juillet 2021 Étude de Cas
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Projet SI-DEP, France

Le cœur du processus informatique de dépistage Covid-19 de la plateforme nationale française SI-DEP

DÉFI

Freiner l’épidémie de Covid-19 par la détection et le traçage des cas positifs en France grâce à une plateforme sécurisée nationale d’enregistrement et de transmission des résultats de tests.

RÉSULTAT

Mise en place en 2 mois seulement d’un outil évolutif de surveillance et de prévention crucial dans la politique de santé publique française.

PROFIL CLIENT

6 semaines de mise en place

3 000 000 de tests par jour 

100 000 utilisateurs actifs

France

Dans le cadre de la gestion de l’épidémie, la détection et le « contact tracing » des cas positifs au Covid-19 sont déterminants pour la réussite de la sortie de crise et à la protection de la population française. C’est l’objectif du projet national SI-DEP (Système d’Informations de DEPistage), mis en place par le ministère des solidarités et de la santé, pour lequel CliniSys | MIPS, en partenariat avec l’AP-HP, a été choisie et missionnée. La solution de prescription connectée et de consultation/diffusion de résultats en ligne CyberLab est le cœur du processus informatique de la plateforme SI-DEP. 

À ce jour, près de 400 structures hospitalières (hôpitaux ou GHT) et environ 4 500 laboratoires privés connectés à la plateforme l’alimentent quotidiennement avec les résultats des dépistages menés sur l’ensemble du territoire. Un grand nombre de CHU et CHR français ont aussi pu bénéficier de la mise en place du module de prescription connectée de CyberLab interfacé avec leur SIL. 

Après une première phase où seul le dépistage PCR était remonté dans SI-DEP, ont été ensuite intégrés les tests sérologiques, puis les tests antigéniques. Depuis mi-novembre, les pharmaciens, les infirmières et les médecins libéraux alimentent également la plateforme avec la possibilité de saisir directement les résultats des tests antigéniques de leurs patients via l’interface utilisateur de CyberLab. En juin 2021, il est prévu de permettre à CyberLab SI-DEP de traiter un volume de 3 000 000 tests par jour (sans inclure les autotests).

Le défi

Repérer, tester et isoler

Mettre en œuvre un dépistage virologique de grande ampleur au niveau national, afin de contrôler et limiter une reprise de l’épidémie et piloter avec précision la dynamique de contamination sur le territoire, dépend de la capacité à identifier, tester et isoler les malades et les cas contacts. Cette mission d’intérêt public et prioritaire est assurée par le projet SI-DEP, qui repose sur un partenariat entre le ministère français des solidarités et de la santé, l’assistance publique – hôpitaux de Paris (AP-HP), Santé publique France, ainsi que les laboratoires de biologie médicale et les éditeurs de système d’information de laboratoire.

Pour ce projet, contraint dans le contexte par des délais particulièrement serrés, le ministère des solidarités et de la santé a missionné CliniSys | MIPS, dont la solution CyberLab permet aux laboratoires, de manière fluide, fiable, transparente et sécurisée, de gérer les demandes d’examen et la communication des résultats aux patients positifs.

Avec sa capacité à s’interfacer avec tous les systèmes d’information de laboratoire (SIL), sa grande facilité de déploiement sous la forme d’une application web, sa capacité à traiter de grands volumes sur plusieurs établissements, CyberLab répondait aux exigences hors normes d’un tel projet et s’est ainsi placée au cœur de l’architecture du SI-DEP. CliniSys | MIPS bénéficiait en outre dans ce domaine d’une expérience en Belgique où la solution CyberLab a déjà été exploitée dans un contexte similaire pour une plateforme nationale de tests.

L’approche

Opérationnel depuis le 13 mai 2020 et traitant à ses débuts 50 000 résultats de tests par jour, le projet a connu une montée en charge progressive avec aujourd’hui des pics à plus de 1 000 000 de tests quotidiens.  Il s’est articulé autour de quatre fonctions principales : 

  • La mise à disposition d’un outil de prescription connectée multi établissements et multi SIL. 
  • La centralisation de l’ensemble des résultats de dépistages PCR et sérologiques du territoire national (privés et publics), sous la forme d’une base nationale, les données étant hébergées par l’AP-HP, l’ensemble du traitement opérationnel s’effectuant dans le respect des principes posés par le RGPD et la CNIL (Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés).
  • La diffusion sécurisée des résultats aux patients qui peuvent ainsi appliquer immédiatement les mesures de prévention, ainsi qu’aux prescripteurs et la mise à disposition des QR codes d’activation uniques pour l’application Tous AntiCovid.
  • La mise à disposition de données de qualité, consolidées et pseudonymisées en temps réel à destination de Santé public France, de la direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (DREES) et de la plateforme Health Data Hub, à des fins statistiques et de surveillance épidémiologique.

Les résultats

Dans une première étape du projet, les sites publics, principalement des centres hospitaliers universitaires, équipés de système d’extraction haut-débit MGI, ont été connectés à la plateforme SI-DEP. Ces automates sont venues soutenir la forte augmentation des capacités de tous les laboratoires équipés pour la réalisation de tests RT-PCR Covid-19. 

Dans une deuxième étape, c’est l’ensemble des laboratoires français, privés comme publics, qui est venu intégrer la plateforme nationale avec 400 structures hospitalières (hôpitaux ou GHT) et environ 4 500 laboratoires privés connectés à la plateforme. 

Ainsi aujourd’hui, le personnel des laboratoires, les institutions publiques (ARS, SNAM …), mais aussi les pharmaciens, médecins, infirmiers, représentent au total près de 100.000 d’utilisateurs actifs sur CyberLab dans le cadre du projet SI-DEP. 

Génération des preuves de test

Récemment, la création d’un Pass Sanitaire numérique, proposé par la Commission Européenne avec l’objectif d’aider à une reprise plus large des déplacements entre les pays de l’Union européenne, s’est traduite par la mise en œuvre de preuves de test, permettant de justifier d’un résultat positif ou négatif à un test de détection du virus (antigénique ou PCR).  

Au sein de la plateforme SI-DEP, CyberLab est l’unique application responsable de la génération des preuves de test de dépistage du Covid-19 sur l’ensemble du territoire français, sous la forme d’un QR code certifié, qui sera utilisable dans l’ensemble des pays d’Europe, ainsi que pour les évènements nationaux le nécessitant.

  • À l’issue d’un test de laboratoire, que le résultat soit positif ou négatif, le patient reçoit un sms ou un email, généré par CyberLab, afin de pouvoir télécharger sa preuve de test. 
  • Le patient pourra alors se connecter directement au portail CyberLab et accéder à la preuve de son test, sous la forme d’un QR code.
  • S’il le souhaite, le patient peut à l’aide d’un bouton importer le QR code dans l’application Tous anticovid qui a intégré depuis le 19 avril dernier la fonctionnalité TousAntiCovid-Carnet. Celle-ci a pour objectif de stocker numériquement les preuves de tests Covid-19 et le statut vaccinal de la personne qui composent le Pass Sanitaire.

Le 21 juin 2021, une deuxième base nationale pour la saisie par les patients de leurs résultats d’autotest, pour laquelle CliniSys | MIPS a de nouveau été retenue avec CyberLab, est entré en production. 

John Lebon, président
directeur général CliniSys | MIPS :

« Dans un temps record et des conditions exceptionnelles, grâce à l’engagement de tous les collaborateurs de la société CliniSys | MIPS en France, mais aussi en Belgique, CliniSys | MIPS a réussi à fournir avec succès une solution pour des plateformes nationales de test Covid-19, en France, en Belgique, et aux Pays-Bas. Nous sommes particulièrement fiers de soutenir les professionnels de santé qui luttent pour conserver cette crise sanitaire sous contrôle. »